下流域から汽水域の転石、砂利や小石の 間に生息する。コヨエビやゴカイ類などの小動物を食べる。仁淀川に生息するミミズハゼ種群はミミズハゼ、イソミミズハゼ、ミナミヒメミミズハゼの3種。ミミズハゼを除く2種は少ないが、互いに酷似していて、標本を作製して詳細に見比べなければ正確な同定はできない。
○体は細長く、頭は扁平○体色は茶褐色から灰褐色で白っぽい斑点がある○尾びれの縁辺部に透明域がない○胸鰭上部に遊離軟条が1本ある
在来種
毒はないので食用可能ですが、小さくて食べるところがなく、身に水分が多いため加熱するとさらに縮むと思われます。